10 let, od roku 1857, Pasteur působil jako ředitel vědeckých studií na École Normale. On opustil tento příspěvek v roce 1867 zaměřit se na jeho výzkumu. V časných 1860, uvědomil si, že víno promění hořká, protože mikrobů (zárodků), které vstupují do vína, zatímco je vyroben. Ukázal, že použitím regulované množství tepla mohl zabít mikroby bez změny chuť vína. Toto použití tepla, jako prostředku zabít bakterie se stal známý jako pasterizace po Pasteur. Pasteur také použít tuto metodu k zachování mléko, pivo a jídlo.
V roce 1865, Pasteur je stanoveno na pomoc hedvábí průmyslu. Onemocnění zvané pébrine zabíjí velké množství bource morušového. Pracoval několik let, aby prokázal, že mikrob, který napadá vejce bource způsobuje nemoc. On ukázal, že odstranění tohoto zárodek v školek bource by vyhladit nemoc. Jeho výzkum do bource morušového onemocnění zachránil hedvábí průmyslu v jižní Francii.
Pasteur dokázal, že mnoho nemocí je způsobeno bakteriemi, které násobí v těle. Také se ukázalo, že v případě, mikroby jsou oslabeny v laboratoři a poté se umístí na těle zvířete, je zvíře vyvíjí imunitu (odpor) do mikrobu. Nazval tento způsob bojování mimo mikrobů očkování. Pasteur prokázal hodnotu očkování očkováním ovce proti závažným infekčním onemocněním s názvem antrax. Pasteur vypůjčené nápady od úspěchu Edward Jenner, britský lékař, který v 1790 objevil bezpečnou metodu, aby si lidé imunní vůči neštovice. Jenner naočkovány mladého chlapce s hmotou z kravskými neštovicemi bolák. Chlapec vyvinula cowpox, relativně neškodný onemocnění spojených neštovice. Ale když Jenner později injekčně chlapce hmoty z neštovice vřed, chlapec nepřišel dolů s tímto onemocněním. Jeho zápas s kravskými neštovicemi pomohl jeho tělo vybudovat imunitu proti pravým neštovicím. Jennerův klasický experiment byl první oficiálně zaznamenaný očkování.
Pasteur začal v roce 1881 studovat vzteklina, infekční nemoc, šířící se kousnutím zvířat vztekliny infikovaných. Rabies ničí nervové buňky na část mozku, a téměř vždy způsobí smrt. Lidské bytosti a většina jiných savců můžete chytit nemoc. Virus známý jako rhabdovirus, která je prováděna ve slinn
