Po překročení Continental se dělí, strana oddělená, Lewis přičemž jednu skupinu na nové severní trase, a skupina Clarkova zkoumání na jih. Lewis založena krátkou trasu mezi řekou Clearwater a Great Falls na Missouri. On také prozkoumal Marias řeku, kde jeho strana měl potyčku s Indiány. Clarkova skupina, provázený SACAJAWEA, který byl v známém zemi, se vrátil v podobě řeky Yellowstone. Expedice reassembled kde Yellowstone se připojí k Missouri.
Na Mandan indické vesnici, jeden člen strany, John Colter, získal povolení opustit výpravu za života lovec. Vrátil se do hor, a je věřil k byli první běloch, který vkročil do čeho je nyní Yellowstonský národní park. Na Mandan, také, SACAJAWEA, jehož věrné služby byla neocenitelná, opustil večírek s její rodinou.
Expedice dosáhla St. Louis dne 23. září 1806. To bylo dva roky, čtyři měsíce a devět dní poté, co odešel. Žádné slovo obdržel od svých členů od návratu kýlu-lodi rok a půl před, a oni dostali se do ztracena. Slovo jejich bezpečnou a úspěšnou cestu byl přijat s radostí a hrdostí prezidenta Jeffersona a celých Spojených státech.
Zprávy, které členové expedice
President Jefferson nařídil, že poznámky být přijata na geografické rysy výlet, indiánské kmeny, rostliny a zvířata, a mnoho dalších témat. Lewis držel žurnál a Clark deník. Několik poddůstojnické muže také zapsala své připomínky. Tyto záznamy byly považovány za soukromé vlastnictví, nicméně, a nikdy nebyly podány s ministrem války. Kongres dělal žádné úsilí získat zprávy zveřejněny, a oba vůdcové byli příliš zaneprázdněn jinými záležitostmi.
Mnoho verzí časopisů byly vytištěny na soukromé náklady v průběhu let, ale až 1904-1905 byl kompletní kolekce publikoval (sedm objemy a atlas, editoval Reuben Gold Thwaites). Zkrácená verze, Deníky Lewis a Clark (1953), byl sestaven Bernard De Voto.
