Na jaře dočasné oddíl vojáků byl poslán zpět do keelboat, nesoucí zprávu o cestě k dnešnímu dni pro prezidenta Jefferson. Oni také vydal se k němu pět krabice obsahující indické články, rostliny, kožešiny a jiné vzorky, a klece živých zvířat.
Cesta obnoveno
Dne 8. dubna 1805, expedice vyrazila opět ve dvou pirogues a šest Nově vyrobený dlabané kánoe. Missouri čím dál těžší se orientovat. Měsíc-dlouhý dopravné bylo vyžadováno, aby se vyhnula Great Falls, místo dnešního Great Falls, Montana. Nakonec expedice dosáhla bodu, kdy Missouri rozděluje do tří vidlic. Sledovali severní větev, který oni pojmenovaný The Jefferson, aby jejím pramenům v horách. Tady Lewis a tři další prošel Lemhi průsmyku. Čtyři byli první bílí muži překračovat Continental se dělí na sever od Nového Mexika a na jih od Kanady.
V srpnu expedice setkala bandu Shoshoni Indů. Dramatickým shodou okolností, šéf se ukázalo, že je bratr SACAJAWEA, kdo jako dítě byl zajat ze svého kmene. Lewis a Clark měnil zboží pro koně a, s indickým průvodcem, strana udělal jeho cestu přes hory Bitterroot rozsah prostřednictvím přihrávkou poblíž dnešní Lolo, Montana.
Stezka bylo obtížné se mrazivé počasí, a zásobování potravinami krátká. Ale přichází z hor se opět našli splavné vodní a loviště. Dugout byly kánoe, koně odešel s přátelskými indiány, a průzkumníci byli na vodě ještě jednou. Sestupně Clearwater, had, a Columbia řeky, přišli k Tichému oceánu 15. listopadu 1805.
Second Winter Camp
Zimní tábor byl vybudován na malém řece západně od dnešní Astoria, Oregon, a jmenoval Fort Clatsop, po dominantní indiánského kmene v této oblasti. Zde průzkumníci strávili mizerný zimu, trpí nekonečné deštěm, monotónní stravou a nedostatkem zboží obchodu pro nákup potravin a zásoby od indiánů. Obchodní lodě byly známé přijít do Columbie, a strana doufal příchod Spojených států plavidla, ale nikdo se objevil v době, kdy tam byli. Po přezkoumání svých poznámek na zemi, přešli, Lewis a Clark se rozhodl jejich cesta nebyla nejkratší a nejjednodušší, a že ostatní musí být prozkoumány na zpáteční cestě.
Zpáteční cestě
Expedice opustila Fort Clatsop 23. března 1806. Cestování po řece bylo mnohem těžší, než sestupuje byl. Po pěti týdnech dorazili indiánského kmene, se kterou opustili koně. Sníh byl stále ještě příliš hluboko v horách pro ně začít p
