Když se Jefferson stal prezidentem v roce 1801 Louisiana koupě ještě nebyla provedena a oblast kolem horních toků Missouri a Columbia řeky ještě neprozkoumané bílými. Tato obrovská oblast nebyla součástí Spojených států a jeho stav byl nejistý; to bylo řekl, aby patřil do Francie nebo Španělska či Velké Británii, nebo nikomu.
Jedno z prvních opatření nové administrativy Jeffersona bylo poskytnout adekvátní zkoumání této oblasti, věřil být bohatý na kožešinách, dřevo a minerální látky. V zimě 1802-03 Kongres souhlasil s přivlastňování $ 2500 za účelem. Jefferson uspořádal večírek jako vojenské výpravě poslal ven ministerstvo války.
Meriwether Lewis, Jefferson je osobní tajemník, byl uveden v příkazu. Lewis požádal, aby William Clark, starý přítel a kolega voják, by mělo být co-vůdce expedice. Lewis dostal pověření kapitánský, a Clark byl dělal poručíka. Lewis odmítl uznat rozdíl v hodnosti. Clark byl osloven jako "kapitán" od začátku do konce a je nazýván "kapitána" k tomuto dni.
Lewis a Clark byli muži výjimečné fyzické a duševní schopnosti, a pracoval dobře jako tým. Oba měli dlouholeté zkušenosti v poušti Život a říční cestování. Lewis byl přirozeným vůdcem a měl víc vědeckou mysl. Clark byl zručný hraničář s géniem pro jednání s indiány.
Zajímavé fakty o Lewise a Clarka expeditionFor jejich vedení, Meriwether Lewis a William Clark každý přijatý 1600 akrů (650 ha) země jako odměny. Zbytek mužů má dvojí plat a 320 akrů (130 ha). Interpret Toussaint Charbonneau obdržel dalších $ 533,33 za jeho služby. Jeho žena Sacagawea dostal nothing.The průzkumníci prošli to, co je nyní 11 státy: Illinois, Missouri, Iowa, Kansas, Nebraska, Jižní Dakota, Severní Dakota, Montana, Idaho, Oregon, a Washington.Sacagawea, jediná žena, aby se kolo výlet, porodila chlapce, Jean Baptiste, na 11 únoru 1805. Po expedici, Charbonneau a Sacagawea požádal Clark zvyšovat a vychovávat chlapce, a on agreed.Several členové strany často se spojil komunikovat s Indiáni. Chcete-li mluvit s Shoshone, například, Lewis a Clark mluvil anglicky Private Francois Labiche. Labiche mluvil ve francouzštině Toussaint Charbonneau. Charbonneau mluvil Hidatsa na Sacagawe
