Ale téměř každý prospěch připisované ethanolu E85, je kritik je připraven s kontrapunkt. Například výroba etanolu vyžaduje spalování neobnovitelných fosilních paliv zasadit, růst, a sklizeň plodin a provozovat rafinérií. Cornell University zemědělský odborník říká, že, s ohledem na náklady na energii na pěstování obilí a převedením na ethanol, je zapotřebí mnohem více energie na výrobu etanolu, než se získá. (University of California studium, naopak trvá na tom, moderní farma účinnost znamená ethanol generuje více energie, než potřebuje k produkci.) Kritici tvrdí, že výroba etanolu odklání kukuřice, které by mohly být použity ke krmení zvířat a lidí, čímž se zmenšuje dodávku kukuřice a zvýšení cena potravin.
Pokud jde o otázky životního prostředí, mnoho nových ethanol rafinerie hledají způsoby, jak snížit náklady pomocí uhlí jako zdroj energie. Většina nyní běží na zemní plyn. Uhlí stojí méně, ale znečišťuje víc. A Agentura pro ochranu životního prostředí USA tvrdí, že uvedení více etanolu E85 flex fuel vozidla na silnici bude mít za následek více ve vzduchu chemikálie, které vytváří smog, výhružné nárůst respiračních onemocnění.
Kritici také poukazují na zátěž pro daňové poplatníky. Federální vláda, spolu s některými zemědělskými státy, má po desetiletí dotované produkce etanolu pod praporem podpory zemědělských podniků. Kritici tvrdí, že hlavními příjemci miliard dolarů daňových výjimek a pobídek jsou obří agropodniky a firemních rafinerie. V roce 2003, Illinois se stal prvním státem k odstranění daně z prodeje u E85 etanolu paliva. A federální vláda poskytuje až 30.000 $ v daňových úlev na čerpacích stanicích, které převádějí pumpy E85 etanolu paliva.
Na paty energetického zákona podepsal do práva v roce 2005, který vyžaduje, aby rafinerie produkovat více etanolu v příštích desetiletí, prezident Bush přislíbil federální dolarů financovat další výzkum nových metod výroby etanolu. Ve stejné době, federální regulátoři rozechvělý zmírnit administrativní zátěž výrobu etanolu navrhovali uvolněné limity na množství znečištění ovzduší se tyto rafinerie by být umožněno, aby generovat.
Tento podhoubí podpory pomohl zapálit boom v počet kukuřice k palivu rafinérií. Některé 40 nových
