Nyní Marines snaží získat zbraň dříve, než Covenant dělá. Po mnoha krutých bitev o kontrolu Halo Mapa pokoj a kontrolní místnosti, kapitán Keyes trvá Marine jednotka s ním získat Halo tajemného zbraní cache. Cortana je instalován v systému Halo a zjistí skutečnou povahu této zbraně. Ona pošle Mastera Chiefa zastavit Keyes a smlouvu od uvolnění této hrozné zbraň. V době, kdy šéf lokalizuje Keyes, je to příliš pozdě.
Zbraň se ukáže, že je vnímavý parazitární závod s názvem The Flood. The Flood decimuje Marines a Covenant podobně, obracejí pozměnění mrtvoly do zombie-jako Protipovodňové bojovníky. Halo je nyní dějištěm hrůzné třícestným bitvy.
Řeknu vám o mém Robot Pal
V tomto okamžiku, šéf je popadl o Halo nepředvídatelný monitorování AI, Guilty Spark. Spark, který se odkazuje na šéfa, jako " odebíracímu, " řekne mu, že potopa musí být zastavena a jediný způsob jak to udělat, je aktivovat obranný systém Halo. Spark vysvětluje, že Halo je objekt postavený dávno mrtvého závodu známého jako předchůdce. To bylo vytvořeno ke studiu a obsahují povodní. Zřejmě tam byla záplava vypuknutí dávno, co bylo postaráno o Halo je " kontaminace protokol;. &Quot Spark je přesvědčen tento protokol je jediný způsob, jak zastavit aktuální ohniska.
S Guilty Spark jako jeho průvodce, šéf bojuje proti jeho cestě přes hordy Flood načíst Index, prastarou klíč potřebný k odemknutí obranu Halo , Poté, co bojuje svou cestu mezi Smečky a Flood sil, Chief se vrací do řídící místnosti k aktivaci Halo.
Jakmile znovu, Cortana zasahuje. Cortana vysvětluje náčelníkovi, že byl uveden v omyl Spark. V případě, že Chief aktivuje Halo, bude mu zničit všechny život v galaxii. Dozví se, že to není to, že Halo drží zbraň; Halo je Po učení Pravda o Halo, šéf a Cortana rozhodnout jediná věc, kterou musíte udělat, je zničit dříve, než to je aktivován někdo nebo Flood vymyslet způsob, jak se dostat pryč z toho. Nyní Chief bojuje Covenant, potopě, a AI Guilty Spark a jeho robot drones. On plíží na poškoz
zbraň. Halo vystřelí masivní impuls do prostoru, který vyhladí veškerý organický život, který je schopen působit jako hostitele k potopě. - Lidé, Covenant, veverky, všechno
Burning Down the House