1971, Boyer udělal významný pokrok v chápání syntézu ATP. V následujícím desetiletí, učinil další objevy, pokud jde o tři postulátů pro vazebné mechanismu syntézy ATP. Další zkoušky podle Boyer a jeho výzkumný tým potvrdily výsledky. Boyer ukázala, že enzym ATP-syntáza napomáhá produkci ATP, a John Ernest Walker Spojeného království objevil strukturu ATP syntázy. Pro jejich práci, dva vědci sdílené polovina v roce 1997 Nobelovu cenu za chemii. Druhá polovina byla cena udělena Jens Skou Dánska.
V roce 1955, Boyer získal ocenění v enzymu chemii American Chemical Society. On také přijal Guggenheim přátelství, které mu umožnilo vzít volno a provádění výzkumu ve Švédsku u Wenner-Gren institutu univerzity ve Stockholmu a na Nobelovu Medical Institute. On sloužil jako předseda sekce biochemie American Chemical Society z roku 1959 do roku 1960. Od roku 1969 do roku 1970, byl prezidentem Americké společnosti biologických Lékárny. V roce 1970 byl jmenován emeritní profesor katedry chemie a biochemie na UCLA. V roce 1989 získal Rose Cenu Americké společnosti pro biochemii a molekulární biologii.