Kromě Nobelovy ceny, Watson získal řadu ocenění, včetně John Collins Warren Cenu Massachusetts General Hospital , 1959; Eli Lilly Award v biochemii, 1960; Lasker Award Americké asociace pro veřejné zdravotnictví, 1960; John J. Carty Zlatá medaile z Národní akademie věd, 1971; a Prezidentská medaile svobody, 1977. Byl členem Americké akademie umění a věd od roku 1958 a Národní akademie věd od roku 1962.
řadu politických neshod s NIH a, v roce 1992, rezignoval.
