Whipple přispěl k kosmického věku v roce 1950, kdy vytvořila celosvětovou síť profesionálních i amatérských pozorovatelů sledovat satelity. V roce 1957, kdy Sověti zahájili Sputnik, první satelit, dobrovolníci Whippleova pozoroval a informoval o oběžné dráze satelitu.
Od roku 1955 do roku 1973, Whipple byl ředitelem Smithsonian Astrophysical Observatory (NKÚ), směnáren Smithsonian Institute. V té době on zaujal pozici, organizace byla založená ve Washingtonu, DC, jedním z jeho prvních úkolů bylo pomoci přesunout sídlo do Cambridge, Massachusetts. V roce 1973, NKÚ se spojil s Harvard College Observatory, aby se stal Harvard-Smithsonian Center for Astrophysics (CFA). Ten stejný rok, Whipple stal vedoucí vědecký pracovník v organizaci.
V 1960, on codeveloped mnohočetného Mirror dalekohled na Mount Hopkins, v blízkosti Amado, Arizona. Přístroj byl vyroben ze šesti velkých dalekohledů zrcadla fungují jako jeden, a byl první svého druhu. V roce 1982, Arizona zařízení bylo přejmenováno na observatoře Fred Lawrence Whipple. Hvězdárna, který je součástí CfA, obsahuje jednu z největších zrcadlových dalekohledů ve Spojených státech.
Whipple získal řadu vyznamenání skrz jeho dlouhou a úspěšnou kariéru. Získal šest Donahue medaile jako uznání šesti komet, které objevil. Jiné ceny zahrnují J. Lawrence Smith medaile Národní akademie věd v roce 1949, Kepler medaile amerického sdružení pro povýšení vědy v roce 1971, a Distinguished Service Award federální civilní prezidenta John F. Kennedy v roce 1963. On zemřel v Cambridge, Massachusetts 30. srpna 2004.
