Whippleova první práce na Harvardu byla kontrola správnosti fotografických desek na obloze. Chcete-li úkol zajímavější, když prohlédl fotografických negativů pro komet. V průběhu této práce, on objevil šest komety, z nichž všichni teď nesou jeho jméno.
Brzy v jeho kariéře, Whipple stanoveny se dozvědět více o meteory. K dosažení tohoto cíle, on vymyslel dvě stanice fotografickou metodu měření trajektorie meteorů. Použití kamery s rotujícími okenicemi, Whipple fotografoval meteorů na různých místech. On pak studoval na fotografické desky určit atmosferický táhnout meteory ', rychlost a oběžnou dráhu kolem slunce. Whipple pokračoval v tomto výzkumu, než to bylo přerušeno druhou světovou válkou (1939 - 1945). Z jeho výzkumu, on se domníval, že komety se týkaly meteory a měl podobné složení. Tato argumentace mu pomohli formulovat myšlenku, že kometárních jader jsou jako špinavé sněhové koule.
V roce 1932, Whipple byl jmenován instruktorem ve astronomie na Harvardově univerzitě, postupující do přednáší o šest let později. Během druhé světové války, on pracoval na výzkumu souvisejícím s válkou na Harvard Radio Research Laboratories, vydělávat prezidentskou Certificate of Merit v roce 1948 na konci války v roce 1945, Whipple se vrátil k Harvardu, kde byl jmenován docentem. O pět let později byl povýšen na profesora, pozice, kterou on držel až do roku 1977, kdy odešel do důchodu jako Phillipse emeritní profesor astronomie. Během jeho Harvard držby, on také sloužil jako předseda oddělení astronomie.
Po jeho meteorického výzkumu, Whipple studovali dráhu 40 komet vyřešit problém, který matl vědce. Astronomové byli jisti, proč některé komety zvýšit své oběžné dráhy, zatímco jiní ztrácejí energii a snížit jejich oběžné dráhy. Whipple navrhl, že složení jádra nabídl vysvětlení. Když se kometa je daleko od Slunce a v chladu prostoru, to se podobá zmrzlou míč. Ale jako kometa blíží slunce, led začne tát. Když je vrstva ledu odpaří. to způsobí plyny a částice v ledu letět pryč od slunce. Tento "jet" plynu tvoří komety koma (přeháňky atmosfé
