Diego de Almagro, blízký spolupracovník Pizarra je, byl vyroben guvernéra region na jih (Chile a jižní Bolívie). Nalezení žádné bohatství tam a pocit podváděl, Almagro chytil Cuzco z Pizarro sil. Pizarro retook město a dal Almagro k smrti v roce 1538. V roce 1541 Pizarro byl zabit následovníky Almagro. Chcete-li vytvořit pořadí Charles já Španělska poslal místokrále, který byl sesazen v roce 1548 tím, Gonzalo Pizarro, Francisco je nevlastní bratr, který měl dříve prohlásil, že je guvernérem. Royal autorita byla založena v roce 1548.
Viceroyalty Peru
Vzhledem k zlata a stříbra, Peru byl nejdůležitější amerických kolonií Španělska. Viceroyalty zahrnuty všechny španělské jižní Ameriky, stejně jako Panama, přes které peruánský poklad byla provedena být poslán do Španělska. Indiáni byly použity jako horníci, a občas oni se vzbouřili pod drsnou španělskou vládou. Po povstání v 1571, místokrál Francisco de Toledo měl Tupac Amaru, poslední přežívající člen incké královské linie, dát k smrti.
Peru bohatství přitahovalo piráty mnoha národností. V roce 1624 holandská východní Indie společnost oblehli Callao po dobu pěti měsíců, v neúspěšném pokusu vzít Lima. V polovině 17. století, nicméně, doly Peru hráli ven, a kolonie začala klesat ekonomicky a politicky.
Oblast k severu byla dělal oddělené Viceroyalty, nazvaný New Granada, v 1717. V roce 1776 tvorbě viceroyalty La Plata oddělen od Peru jihovýchodní část kontinentu, včetně horní Peru (Bolívie), kde byly umístěny miny. Captaincy generální Chile stal se nezávislý v Peru v 1778.
Indiáni byli utlačováni a špatně zpracovaný Španělskem. Oni byli nuceni pracovat za nízké mzdy v oblastech, doly a textilních továren, a byl těžce zdaněna vedle. V 1780 José Condorcanqui, který přijal jméno Tupac Amaru II, vedl neúspěšnou indické povstání, která trvala tři roky.
Hnutí za nezávislost
První pohyby nezávislost v Jižní Americe přišla krátce poté, co Španělsko bylo chyceno Napoleon Bonaparte v roce 1808. peruánské úředníků zůstal loajální ke španělskému trůnu, a místokrál byl připravený poslat vojáky vzpurný míst v sousedních regionech, jakož i ve své vlastní.
revoluční síly získaly sílu, nicméně, a V roce 1818 Chile, s pomocí José de San Martín Argentiny, získal nezávislost. V revolutionists zahájil invazi Peru v roce 1820, a Lima spadl bez boje v 1821. San Martín předpokládat autoritu jako "ochránce Peru," ale v roce 1822 se vrátil do C
