V roce 1963 plukovník Enrique Peralta Azúrdia vedl úspěšnou vzpouru. On řídí vyhláškou, ale slíbil uspořádat volby poté, co nová ústava byla uzákoněna. Ústava vstoupila v platnost v roce 1965 a civilní vláda byla zvolena. Je to pokus o hospodářské a sociální reformy, ale jeho programy byly blokovány odpor konzervativních podnikatelů a bohatých vlastníků půdy. Během 1970 a brzy 1980, reforma byla dále odloženo sérií konzervativních vojenských vlád, které byli zvoleni uprostřed obvinění soupeřů volebního podvodu.
V roce 1986 nová ústava vstoupila v platnost a civilní vláda byla obnovena. Nicméně, vládní korupce a porušování lidských práv nadále problémy do 1990. V roce 1994 se vláda a komunistická partyzáni podepsali dohodu o posílení lidských práv. V roce 1996 se vláda a partyzáni podepsaly mírovou dohodu, končit 35-letý občanskou válku. Hurikán Mitch způsobil rozsáhlé škody v zemi v roce 1998.