Navzdory dohodě proti skupiny ve válce k dosažení souladu s mírového plánu podepsaného pět Střední Ameriky krajů v roce 1987, občanská válka pokračovala. Alfredo Cristiani, strany Arena, byl zvolen prezidentem v roce 1989. V roce 1991 byla podepsána příměří. Občanská válka oficiálně skončila v roce 1992 v rámci plánu, ve kterém partyzánské síly souhlasil rozpustit na oplátku pro program politických a hospodářských reforem, které vláda. V roce 1994 v prvním poválečném volbách, Armando Calderon Sol, strany Arena, byl zvolen prezidentem. V roce 1998 hurikán Mitch způsobil rozsáhlé škody v zemi.
Na začátku roku 2001, zemětřesení v El Salvadoru zabila asi 1200 lidí a zanechal více než 1.000.000 bez domova. V roce 2004, Elias Antonio (Tony) Šaca byl zvolen prezidentem. Také v roce 2004, El Salvador ratifikovalo Dohodu o Dominikánská republika a Střední Amerikou a Spojenými státy americkými o volném obchodu (CAFTA-DR). Tento záměr dohody bylo snížení obchodních bariér mezi zúčastněnými zeměmi. To vstoupil v platnost v roce 2006.
V březnu 2009, Salvadorans zvolen Mauricio Funes levicové Farabundo Marti Národní osvobozenecká fronta (FMLN) prezidenta. Funes nastoupil do úřadu v červnu. Konzervativní nacionalistická republikánská aliance (ARENA), byl u moci téměř 20 let. 
[1] [2]