Do konce roku 2000 se Taliban řízené více než 90 procent v zemi, ale na rozdíl od skupiny Talibanu, jako je například severní Alliance, měl pevnosti na severu. Pokračující boje zhoršily následky závažné sucha a hladomoru.
V září roku 2001, vláda Spojených států požadovala, aby Taliban vzdát Usámu bin Ládina, který byl podezřelý z organizování teroristických útoků z 11. září 2001, proti Spojené státy. Tyto útoky zahrnovaly únos čtyř letadel, z nichž dva byly převezeny na dvě věže Světového obchodního centra v New Yorku, což způsobilo jejich zhroucení. Taliban odmítl požadavky Spojených států. V říjnu, Spojené státy a jejich spojenci, včetně Severní alianci, začal trvalou vojenskou kampaň proti Talibanu a al-Káidy proti silám v Afghánistánu.
Do konce listopadu 2001, Taliban byl odstraněn z energie a nahradit prozatímní vláda, vedl o Hamída Karzáího. Vláda byl obviněn, mimo jiné, zachování míru a bezpečnosti v rámci Afghánistánu, dokud národní rada mohl být zvolen a demokratické volby mohly konat. V národních volbách konaných v roce 2004, po přijetí nové ústavy pro zemi, Karzáí byl zvolen prezidentem. Navzdory pokroku při formování nové vlády, srážky mezi regionálními a etnickými soupeři pokračoval po celé zemi, což přispívá k jeho nestabilitě. Rozhodující podporu pro novou vládu byla poskytována Organizace spojených národů.
V srpnu 2009, v Afghánistánu konaly prezidentské volby, a Karzáí dostal nejvíce hlasů. Bylo však zjištěno, mnoho hlasovací nesrovnalostí, což vede ke rozhodujících volbách je naplánováno. Před volbami, Karzáího soupeř stáhl. Volební úředníci prohlásil, že Karzáí vyhrál presidentství.
