V roce 2006, přírodní katastrofy zabil řadu lidí, v Indonésii. Více než 5800 lidí zemřelo na ostrově Jáva, když hlavní zemětřesení v květnu. V červenci, více než 600 lidí bylo zabito poté, co tsunami narazil do Javy. V roce 2009, Yudhoyono byl znovu zvolen.
04. Po tsunami , vztahy mezi indonéskými vládními silami a nezávislosti usilující rebelů začal uklidnit v oblasti Aceh. V srpnu 2005, dvě skupiny podepsali mírovou dohodu. Aceh byl udělil větší autonomii (self-pravidlo), které Parlament v červenci 2006. Volby byly drženy v regionu v prosinci téhož roku.
