indonéská vojska vstoupila Portugual bývalé kolonii Východního Timoru v roce 1975, aby se zabránilo nezávislosti usilující rebelům v získání kontroly nad územím. Vojáci zabili nějaké třicet procent z Východního Timoru obyvatelstva v letech 1975 a 1976, kdy anektoval zemi. Střety mezi povstalci a indonéských síly pokračovaly v průběhu roku 1980 a 90. let. V roce 1999 se Východního Timoru schválil referendum o nezávislosti. Asi 2000 lidí bylo zabito indonéských milice po hlasování. Indonésie stáhl jeho síly o tři měsíce později.
Mezitím, Suharto strávil 1970 a 80 je modernizace ekonomiky a současně ukládat represivní diktátorský režim. Do roku 1990 má Indonésii měl jeden z nejrychleji rostoucích ekonomik na světě. Mocenských pozic bylo obsazeno Suharto přátel a rodinných příslušníků, z nichž mnozí se stal velmi bohatý. Když ekonomika upadla do hluboké recese v letech 1997 a 1998, masivní pouliční protesty narušena Jakarta a několik dalších měst. Suharto byl obviněn z krádeže v blízkosti $ 600 milión od státu a nucený odstoupit. On byl nahrazený viceprezident BJ Habibie.
V roce 1999, příliv muslimských imigrantů k Moluccan ostrovy (nebo okořenit ostrovy), ve východní Indonésii vedlo k bojům mezi muslimy a křesťany v nichž bylo zabito více než 5000 lidí .
Na konci roku 1999, Abdurrahman Wahid se stal země je první demokraticky zvolený prezident v čtyřicet let. Nicméně, on byl obviněn na základě obvinění z korupce v červenci 2001. Vice President Megawati Sukarnoputri se stal prezidentem.
V roce 2002, více než 190 lidí bylo zabito, když byla teroristická bomba explodovala na Bali.
V červenci a září 2004, Indonésie se konalo první přímé prezidentské volby. Žádný kandidát přijal většinu hlasů v prvním kole. Po druhém kole, generál ve výslužbě Susilo Bambang Yudhoyono vyhrál volby, porazil Megawati.
Hlavním tsunami způsobená podmořském zemětřesení mimo severní Sumatra zabila více než 100.000 obyvatel ostrova v prosinci 20
