Další námitkou je, že jsme si úplně jistý, co je dlouhodobý vliv na životní prostředí bude. Co se stane, když geny z modifikovaných plodin najít svou cestu do divokých druhů? Je těžké posoudit, co přesně dopad modifikovaných plodin mohlo mít na původních druhů rostlin. To by mohlo být možné, že jiné druhy rostlin by mohla vyvinout podobné rysy do modifikovaných plodin. Pokud plevele vyvinout rezistenci vůči herbicidům, jsme zase na začátku na této frontě.
Někteří se obávají, že zavedením genetického materiálu do plodin, mohou vědci také vytvořit nové alergeny. Ve Spojených státech, Food and Drug Administration klade přísné předpisy o geneticky modifikovaných potravinách, které obsahují rozsáhlé alergenní testy. To může být dokonce možné odstranit alergenní složky ve stávajících jídla a zajištění jejich bezpečnosti pro lidi, kteří by jinak museli zabránit tomu, aby druh jídla.
Pest odolné plodiny by mohla vést k několika problémům. Zemědělci může používat více chemikálií k léčbě plodiny geneticky odolat jedy. Tyto chemikálie by mohly vybudovat toxiny v půdě nebo prosakovat do podzemní vody. Geneticky modifikované plodiny s toxickými proteiny, jejichž cílem je odvrátit škůdcům mohly mít vliv i jiné druhy. Na druhé straně by zemědělci není nutné používat jako hodně pesticidů při pěstování plodin s vestavěným-in proti škůdcům repelent. Některé studie naznačují, že tím, že sníží závislost na pesticidech, mohou některé druhy ve skutečnosti prospěch z přechodu na geneticky modifikovaných plodin.
K dispozici je také strach mezi některé zemědělce, že biotechnologie by mohla vést k poklesu biodiverzity. Pokud najdeme konkrétní porosty, které jsou ziskové a snadno růst, mohou zemědělci opustit jiné odrůdy ve prospěch modifikované plodiny. Snížení rozmanitosti by mohlo vést k nebezpečnými následky. Celé populace plodin mohl zemřít, jestli zasažena chorobou. Rozmanitost může také pomoci udržet půdu zdravou a zabránit toxiny z budovy v průběhu času.
Nakonec musíme zvážit potenciální přínosy zemědělské biotechnologie proti rizikům. US Food and Drug Administration (FDA) má přísná pravidla o geneticky modifikovaných plodin určených k zajištění bezpečného vědci pou
