V roce 1928, Condon připojil Columbia University jako lektor ve fyzice. Později téhož roku, se stal asistentem profesora fyziky na Princetonské univerzitě. Příští rok učil fyziku na univerzitě v Minnesotě. On se vrátil do Kolumbie v roce 1930, kde zůstal až do roku 1937.
Condon vyvinula většina z jeho originálních příspěvků k rozvoji teoretické fyziky, zatímco v Princetonu. Jeho interpretace s vysokou energií protonů rozptylu vyjasnit jaderný velkou sílu, která poskytla základ pro moderní jaderné teorie a dramaticky ovlivnil rozvoj výzkumu v atomové energie. Byl také příspěvků v hmotnostní spektroskopií molekul a v chápání quantum mechanická základě molekulárních vibrací měřených pomocí infračervené spektroskopie a otáčení světla molekul.
V roce 1937, Condon přesunuta do Pittsburghu vstoupit do Westinghouse Electric a Manufacturing Corporation jako náměstek ředitele výzkumu. Pomohl vést společnost do jaderného věku tím, že zlepší a zaměřením základní jaderné výzkumné programy. V brzy 1940, on byl poradcem pro národní obrany výzkumného výboru a přispívá k rozvoji vzdušné radarové systémy pro použití ve druhé světové válce (1939-1945). On také pomáhal založit laboratoře radiace na Massachusetts Institute of Technology (MIT). Také v brzy 1940, Robert Oppenheimer jmenován Condon spolupracovník ředitele pak-tajemství Los Alamos laboratoř, kde on aplikované jeho práci na hmotnostní spektroskopie k separaci izotopů uranu pro atomové zbraně. Od 1943-1945, působil v ozařovací laboratoře v Berkeley na hmotnostní spektrometrie uranu výtažků pro atomové bomby. Po válce, Condon začal psát a mluvit ve snaze vzdělávat veřejnost o politických rozhodnutí o vojenské využití jaderné energie. Věřil, že civilní kontrola nad vývojem a výrobou jaderných zbraní byl jeden z klíčů k zamezení jadernou válku.
V roce 1945 se stal ředitelem Národního úřadu pro standardy a pracoval jako poradce vědy do zvláštního výboru Senátu na jadernou energii, které předsedá senátor Brian McMahon. V roce 1946, zákon McMahon-Douglas založil civilní komise pro atomovou energii, částečně v důsledku Condona díla.
V letech 1951-1954 působil
