Po volna spustit Biogen, Gilbert se vrátil k Harvardu v roce 1985. On pokračoval ve vyučování a V roce 1987 byl jmenován vedoucím katedry buněčné a vývojové biologie. On také pokračoval v jeho výzkum genové struktury a produkci proteinů z rekombinantních organismů. V pozdní 1980, on se stal zastáncem Human Genome Project, jehož cílem bylo sekvenci a mapovat celý lidský genom, nebo 46 lidských chromozomů.
V roce 1992, Gilbert založil soukromou společnost s názvem Myriad Genetics , Inc. Myriad byl zapojený do úsilí o sekvenci lidského genomu. V roce 1996 se stal výkonným ředitelem společnosti Net-Genics, farmaceutické biotechnologickou společností. V roce 2001, on vzal volno z Harvardu se připojit rizikového kapitálu firmy s názvem BioVentures Investoři se sídlem v Cambridge, Massachusetts.
Gilbert bylo uděleno čestné tituly od Columbia University, University of Chicago, a University of Rochester. V roce 1991 byl jmenován čestným kolegy z Trinity College v Cambridge University. Je členem Národní akademie věd, Americké akademie umění a věd, American Society of Biological lékáren a americkou fyzickou společností. On je zahraniční členem britské Královské společnosti.
Gilbert získal mnohá ocenění kromě Nobelovy ceny. V roce 1968 obdržel Cenu Nadace Steel USA molekulární biologie Národní akademie věd. V roce 1979, s Frederick Sanger, on přijal Albert Lasker základního lékařského výzkumu Award. On byl udělil New England Podnikatel roku ocenění v roce 1991.