Hádky mezi guvernéry a františkánských misionářů přes indickém politickém brzdily rozvoj. V roce 1680 Pueblo šaman jmenoval papež vedl svůj lid do vzpoury, zabíjení 400 osadníkům a jízda zbytek zpět do El Pasa. To nebylo až do 1692-96 že Don Diego de Vargas dobyl znovu v Novém Mexiku.
španělština nájezdy pro otroky vyprovokoval Apačů na nepřetržitém nepřátelství. Tím, 1706 Komančové začala nájezdy do Nového Mexika. Francouzská invaze z Louisiany se říkal v 1720 Pedro de Villasur vedl výpravu ho splnit a byl přepaden Pawnees, jen tucet mužů unikat. V roce 1779 guvernér Juan Bautista de Anza porazil Comanches. Kampaně proti Apačů, 1775-90, uspěl v přinášení dočasný klid.
Převod Louisiany do Spojených států v roce 1803 byl viděn jako nové hrozby pro španělské vládě. Zebulon M. Pike a jeho zkoumání skupina 1806-07 byli zajati, doprovodil zpátky k Louisiana území, a propuštěn. Španělské úřady byli méně úspěšní v zastavení horských mužů (lovci kožešin), kteří uskutečnili Taosu své sídlo.
Mexické Dobové
Mexiko osamostatnila v roce 1821 a Nové Mexiko se stal mexický provincií. (To byl určen území v roce 1824 a oddělení v roce 1836), v roce 1821, také, William Becknell přišel do Santa Fe od Franklina, Missouri, nad Santa Fe Trail, zahájením pozemní obchod, který brzy stal nesmírně ziskový.
Pueblo Indiáni se vzbouřil v roce 1837, vzal Santa Fe, a instalovány José Gonzales Taos jako guvernér. Byl poražen a zabit mexickými vojáky v roce 1838, a autorita mexická vláda byla obnovena. V roce 1841 nové republiky Texasu, který se vzbouřil proti Mexiku, poslal výpravu vojáků a obchodníků do Nového Mexika. Jejím cílem bylo převzít obchodního centra Santa Fe a vytvořit autoritu Texasu v Novém Mexiku, východní části, z nichž Texas prohlásil za součást svého území. Texans byli podrobeni New Mexico milice a nedokázal dosáhnout jejich cíle.
V roce 1846 válka mezi Mexikem a Spojenými státy začaly, a armáda brigádního generála Stephen Watts Kearny vzal Santa Fe. On pochodoval na do Kalifornie, opouštět Williama Bent jako Governor a okupačních sil pod velením plukovníka Sterling Price. Pueblo Indiáni se vzbouřili a zabili guvernéra ohnuta v Taos. Vojáci cena a milice společnost horských mužů brzy potlačil povstání. Ostatní Indiáni pokračovali útočit, a vojska Spojených států byly brzy bojovat Navahos a Jicarilla a Mescalero Apače.
USA Území
Nové Mexiko se stala územím v 1850. Gadsden Nákup 1853 přidal oblast jižně
