Jen 41 dnů později , Johnson byl prezident Spojených států. Dne 15. dubna, on byl oficiálně informován o svém nástupnictví po smrti Lincolna. Slib kanceláře byla podána ve svém hotelovém pokoji Nejvyššího soudu Salmon P. Chase. Zatímco dělá ne "sliby nebo sliby, "Johnson se na první pohled zdálo hořké směrem k jihu, a byl citován jako pořekadlo," Zrada musí být neslavný, a zrádci musí být potrestán a chudé. "To přesvědčeni, že Radikální republikáni, kteří řídili Congress, že se podělili o své odhodlání zavést kruté pravidlo na poražené Konfederace.
Nicméně poté, co šok z atentátu ustal, Johnson ukázal, že má v plánu následovat smírčí politiky Lincolna směrem k jihu. Řekl, že to bylo jeho předmětem "uniknout z područí momentální vášní a odvodit hojivé politiku ze základních a neměnných principů Ústavy."
Základní pojmy z oblasti politiky Johnsona byly oznámeny ve dvou proklamací vydaném 29. května 1865. První udělil amnestii pro všechny, ale nejvýznamnějším bývalými společníky. Druhý obnovil civilní vládu v Severní Karolíně, předpovídat obdobná opatření pro ostatní Confederate států. Radikálové, vedl Thaddeus Stevens v domě a Charles Sumner v Senátu, odsoudil to, co považuje za prezidentovu shovívavost, se obávat, že jih znovu získá hodně z toho, co to ztratila během války.
Začátek v roce 1866 Kongres začal předat účty, jejichž cílem je omezit program prezidenta. On vetoval těchto opatření. Nicméně, poté, co radikálové získali příznivce ve volbách 1866, většina návrhy zákonů byly přijaty přes jeho veto. On také postrádal Lincolna obratnost na politické manévrování. Radical program uvedeny ve dvou Rekonstrukce účtů prošel v březnu 1867, vyzval k vojenské vládě na jihu, disenfranchisement bývalých rebelů, a neomezený volebního práva pro černochy. Také k dalšímu oslabení výkonnou moc, schválil Kongres, že funkční období zákona zakazující předsedu z vyjmutí z kancelářských úředníků, kteří byl jmenován s potvrzením senátní. Všechny tyto návrhy zákonů byly přijaty po Johnsonově veta.
Po smrti Lincolna, Johnson přesvědčil zavražděného prezidenta kabinet, aby i nadále sloužit pod ním. Ministr války Edwin M. Stanton, nicméně, byl spojencem radikálů. V srpnu 1867, Johnson propustil Stan tuny, porušovat, že funkční období zákona. Radikálové používá tento krok podniknout drastická opatření proti
