Některé 400 francouzské lodě vyplula z Toulonu na 19. května, 1798. Nejenže byly lodě nesoucí armádu s 2.000 dělostřeleckých systémů, ale také na palubě bylo 175 civilistů, naučili se stovkami krabic plných vědeckých přístrojů a knih. Jejich úkolem bylo studovat vše o starověkém Egyptě.
Luck favorizoval francouzštinu
V den před tím, než se plavili, bouře rozptýleného britské lodě Lord Nelson, že byly hlídat na Středozemní moře. Francouzská dosáhl Maltu před Brity, a chytil ostrov překvapivým útokem. Cesta do Egypta trvalo čtyři týdny, ale Nelson nemohl najít francouzské lodě.
Napoleon zachytil Alexandrii dne 2. července 1798, a pochodoval na k Káhiře. U bitvy pyramid (červenec 21) porazil egyptskou armádu tím, že porazí jeho hlavní složku, Mameluke kavalérii. Káhira byla zadržena další den, a Napoleon začal organizovat Egypt do francouzského protektorátu.
Nelson konečně našel francouzské loďstvo a zničil ji v bitvě Nil (srpen 1). V září, s britskou podporou, Osmanská říše vyhlásila válku Francii, jedna turecká armáda sešli v Rhodos napadnout Egypt po moři a na druhé sešli v Sýrii k útoku po zemi.
V únoru 1799, Napoleon rozhodl se odvrátit turecké pozemní útok tím, že vypustí útok proti Turkům v Palestině a Sýrii. Francouzské síly dostal nic jiného než Palestiny, kde se zmocnili Jaffa v březnu, ale nedokázal vzít Acre, v dubnu. Po mor vypukl v jeho armádě, Napoleon stáhl do Egypta. V červenci, turecká armáda od Rhodosu přistál u Abukir. Oni přesile Francouzům dvě ku jedné, ale Napoleon se zabýval jim zdrcující porážku.
Nyní Napoleon dozvěděl, že Second koalice (Velká Británie, Rakousko, Rusko, Neapol, Portugalsko a Turecko), byl vytvořen proti Francii. Téměř všechny Italy bylo ztracené k kombinovaných rakouských a ruských sil pod velením maršála Alexander Suvorov. Napoleon se rozhodl vrátit do Francie. Dne 20. srpna 1799, položil generál Jean Kléber ve velení armády a vypluli s dvěma rychlými malými plavidly. On přistál u Fréjus, Francie, 9. října
Jako vojenský podnik, egyptského dobytí nakonec ukázalo být porucha, jeho osud, které byly uzavřené od zničení francouzského loďstva. Napoleonova prestiž netrpělo, nicméně, protože to nebylo až 1801
