V roce 1903 Kolumbie odmítly povolit Spojené státy vybudovat kanál přes Panamskou šíji. S podporou ze Spojených států, Panama vystoupila z Kolumbie. Nezávislost Panama nebyla formálně reorganizována Kolumbií až do roku 1921. V vážné sociální nepokoje 1920 a rostoucí tlak od rolníků a dělníků, vedla k programu postupné sociální reformy.
V roce 1932 Peru chytil část kolumbijského území. Liga národů urovnal spor, vrací zemi do Kolumbie. Kolumbie, který byl aktivní v hnutí Pan American od jeho počátku v roce 1889, byl hostitel Pan American konference z roku 1948, který založil Organizaci amerických států.
Zatím, nespokojenost veřejnosti a politická nestabilita se stal kritická. Nepokoje vypukly v Bogotě po atentátu na vůdce liberální strany v roce 1948. Disorder šířit rychle, jak je každá politická strana se snažila získat kontrolu nad krajinou. Policejní represe byla zvýšena jako civilní válka zuřila v provinciích. Vojenský převrat v roce 1953 přivedl General Gustavo Rojas Pinilla k moci. V následujícím roce byl zvolen prezidentem ústavním shromáždění.
Rojas byl vyloučen vojenská junta v roce 1957. Ve stejném roce, liberální a konzervativní strany tvořily pakt pro spolupráci v oblasti obnovení civilní vlády.
I když nepokoje a levicová partyzánská válka pokračovala během 1960, nová vláda přinesla určitou míru politické stability a ekonomického růstu. Veřejná podpora pro alianci snížil. Nové nepokoje následovaly volby roku 1970 a hrozil přežití vlády. Dvojstranická pakt skončila v roce 1974.
Nedovolený obchodování s drogami se stal rostoucí problém v roce 1980 jako Kolumbie se stala největším světovým výrobcem kokainu. V roce 1994 to bylo ukázal, že prezident, Ernesto Samper, kdyby získával kampaňové příspěvky od obchodníků s drogami. Andres Pastrana, který jako první přinesl korupci Samper na světlo, byl zvolen prezidentem v roce 1998. I když okamžitě vstoupil do mírových jednání s rebely, boje pokračovaly.