Vzhledem k tomu, vzorky umístěné v mikroskopů rovněž podléhají vakuu, oni někdy podstoupit další přípravy, aby zajistily, že mají pod takových extrémních podmínkách. Biologické vzorky, například, jsou typicky dehydratovaná před umístěním v SEM. V opačném případě je nízký atmosférický tlak vakua by způsobilo, že voda v biologických vzorků, které se rychle odpařit, zničení vzorku v tomto procesu. Další vzorky se zmrazí před tím, než jsou zkoumány, a ještě jiné jsou chemicky ošetřeny tak, aby se přežít proces zvětšení.
Výzkumní pracovníci, jako fotografa, mají různé kontroly přes jednotlivé obrázky, které produkují. Zvětšení, zaostření, kontrast a jas obrazu jsou všechny na dosah ruky provozovatele SEM. Zatímco některé modely mají speciální hardware pro tato nastavení, tím více nedávný integrace počítačových kontrol se oba snížil náklady na SEM a zjednodušeny jejich provoz.
A konečně, ujistěte se, že pozorovat některé bezpečnostní opatření při práci s přístrojem. V procesu skenování vzorků, SEM vytvářet malé úrovně záření ve formě rentgenového záření, jako elektrony pod povrchem vzorku jsou vytlačena a nahrazeny jinými elektrony. Zatímco rentgeny jsou ze své podstaty nebezpečné pro člověka, neměli byste být o provozování SEM příliš starosti. Většina nástrojů má velmi izolovaný vzorek komora, navržený k živobytí ven elektrická a magnetická interference, takže všechny rentgenové záření vznikající v procesu zvětšení by nemělo představovat hrozbu pro provozovatele. Přesto, výzkumní pracovníci by měli ujistěte se, že dodržovat veškeré bezpečnostní pokyny týkající se provozu SEM na jejich instituce.
