Nepůvodní druhy uvedené na ostrovy. - Ať už dnes, kdy letadlo přistane, nebo před stovkami let, kdy průzkumníci přistál - soutěžit s endemickou divokou zvěř pro jídlo. Vezměte kozy, například. Hrstka koz byly přineseny na ostrově Santiago v roce 1800 a je nyní počet se odhaduje na 100,000. Galapágy populace koz živí původní vegetace a soutěží s obří želvy pro potraviny, doslova jíst některé druhy do zániku.
Vzhledem k tomu, cestovní ruch začal na Galapágy v roce 1960, byly stanoveny ochranářské úsilí na ostrovech. Charles Darwin Foundation, nezisková organizace zaměřená na vědecké bádání a zachování, je aktivní účast. Navíc ekvádorský vláda zřídila 90 procent souostroví jako přírodní rezervace, Národní park Galapágy a Galapagos Marine Reserve.
Podle nového zákona, zvláštního režimu pro Galapágy, vláda se snaží omezit migraci , řídit rozvoj a ochranu původních druhů a ekosystémů. Avšak i přes úsilí o zachování, Výboru pro světové dědictví přidány Galapágy do UNESCO seznamu světového dědictví v ohrožení v roce 2007.
