Newton také nějaké excentrické teologické názory, které přišly být rozdělena mezi fanoušku, že vyvinut kolem něj po zveřejnění Principia. Myslel si, například, že jeho vědecké objevy byly skutečně vrácena " starodávná moudrost " od pre-křesťanské civilizace. Podle jeho názoru jsou tyto pre-křesťanské civilizace pochopil zákony vesmíru, ale oni zakódovány těchto myšlenek v mýtech, památek a náboženských památek.
Newton také věřil, že mainstream římský katolicismus, anglikanismus a Calvinism byl kacířský a zkažený , Myslel si, že Nejsvětější Trojice, jeden z hlavních doktrín ortodoxního křesťanství, nebyl v souladu s počátky raného křesťanství. Byl ovlivněn v tomto ohledu obskurní teologického pojmu volal Arianism.
Arianism uvádí, že Ježíš, když stvořil Bůh, nebyl božský. Věřící v Arianism, Newton v ceně, mají pocit, že Nejsvětější Trojice ve skutečnosti představuje kacířství, že Rada Nicaea, ve 4. století, chybně provedené součástí křesťanského dogmatu. Kritici Arianism řekl, že podporuje mnohobožství, protože to vrhá Ježíše za méně než Boží, ale přesto si zaslouží uctívání [Zdroj: Britannica].
koncilem pokoušel skoncovat s Arianism hlásá Ježíšovo božství a posvátnost Nejsvětější Trojice. To nepřežilo hodně za 7. století, s výjimkou ve změněné formě, a na občasné přívrženec, jako Newton.
Přes jeho důkladného výzkumu do teologických otázkách, Newton neměl zveřejňovat hodně jeho náboženských dotazy. Pro něj to bylo velmi osobní úsilí dostat se zpátky do opravdových základů jeho náboženství [zdroj: Snobelen]. Jeho víry byly také vysoce kontroverzní v té době, jen několik desetiletí po kacíři v Anglii byli upáleni na hranici. Tak Newton většinou držel svou víru pro sebe, ze strachu stává vyvrhel nebo ztratil univerzitní pozici.
Po jeho smrti, Newtonovy příbuzní skryté většinu z jeho spisů na náboženství a alchymii, protože by mohly vážně poškozena jeho pověst , Většina z těchto dokumentů jen stala se dos
