Po zveřejnění Wernera první knihy o mineralogii v roce 1774, ho doporučil bývalý učitel z Werner je pro pozici jako učitel hornictví a kurátorka sbírky minerálů v Freiberg School of Mines. Werner začal práci v roce 1775 a zůstal tam až do jeho smrti v roce 1817. V průběhu své kariéry, Werner pokračoval revidovat jeho schéma minerální spisový, s revizemi publikované v roce 1789, 1816 a 1817. V nejstarší verzi se zabývá 183 druhů, zatímco V poslední se vztahuje na 317. V první polovině roku 1800 viděl několik anglické překlady jeho knih.
Werner byl velmi považován vědec, který měl velký vliv v celé Evropě. Patřil k množství organizací, včetně geologické společnosti Londýna, Národního ústavu a Institut Impérial Francie, Imperial společnost fyziky a medicíny Moskvy, Královské pruské akademie věd, a Wernerian společnost Edinburghu.
Když zemřel, Werner vlevo z jeho majetku do Freibergu, škole, kde se učil za jeho života v dospělosti kompletní.