Zákon Kansas-Nebraska (1854) vyrazil hranice válka Missouri, Kansas , as pro- a anti-otroctví skupiny se snažil získat vliv přes Kansas. Pro-otroctví Missourijskými zvané "hraniční rváči," dělal ozbrojené nájezdy přes hranice, a Kansas abolitionists oplatil. Boje byla z velké části zastaven v roce 1859, ale o dva roky později, Missouri opět byl roztrhaný konfliktem, kdy občanská válka začala.
I když Missouri dovoleno otroctví, neměla vystoupit z Evropské unie. Na začátku občanské války, guvernér Claiborne F. Jackson, který favorizoval jih, byl sesazen Union vojsky. Tato akce vedla k první pozemkové bitvy války, bojoval v Boonville v červnu 1861. To bylo následováno v srpnu o hlavní angažmá v Wilsona Creek (poblíž Springfieldu). Missouri byl obtěžován celou válku Confederate partyzánské skupiny, jako jsou Quantrill se lupičům.
později rozvoj
Po válce, Missouri vstoupila dlouhé období zotavení a nové seřízení. Radikální republikáni drženou moc krátce, ale byl přemístěn demokraty, kteří vyhráli volby z roku 1872 a zůstal dominantní politickou silou v průběhu posledního čtvrtletí roku v 19. století.
Když řeky byly hlavní cesty a parní vrchního způsob dopravy, Missouri měl úzké vazby s New Orleans a na jihu. Nicméně, jak železnice byly rozšířeny a steamboating klesal, stát stal se více blízko se spojil s severu a východě. St. Louis a Kansas City vyrostl do velkých průmyslových městech. Mnoho evropských přistěhovalců byli přitahováni k těmto nových výrobních center. Mzdy zůstala nízká, nicméně, a tam byla rozšířená v průmyslu neklid, s pracovníky stávkující požadovat reformy. Tam také byl hodně venkovský nespokojenost. I když byly přijaty vylepšené metody zemědělství a zvýšení produkce, zemědělci nestal prosperující.
V prvních letech 20. století, reforma správy guvernérů Joseph W. Folk (1905 - 1909) a Herbert W. Hadley (1909 - 1913) podporovaný mnoho progresivní opatření. Přímá primární, iniciativa a referendum byly přijaty. Monopoly bylo stíháno. Železnice byly umístěny pod přísnější kontroly, a veřejných služeb a dětská práce byly regulovány.
V prvních dvou desetiletích 20. století byli prosperující. V brzy 1920, nicméně, zemědělské ceny klesly drasticky, a stát je zemědělství bylo ponořil do deprese. O deset let později, velká deprese způsobila rozsáhlé ekonomické těžkosti. Během tohoto období, stát zřídit sociálních programů na pomoc potřebným a rozšířila své programy veřejnýc
