Kritické Years
V 1685 starého přítele Penn vévoda z Yorku, nastoupil na trůn jako James II. Použití jeho vliv s králem, Penn získal propuštění z vězení mnoha Quakers. Nicméně, jeho blízké přátelství s katolickou králem vzbudilo podezření proti němu. Když byl James svržen ve skvělé revoluci 1688, Penn byl v prekérní situaci. Několikrát se musel odpovědět na obvinění ze zrady, a v roce 1692 byl zbaven svého guvernéra Pensylvánie.
Následující rok Penn vydal knihu náboženských maxim, některé druhy ovoce samoty, a eseje na míru v které on navrhl vytvoření mezinárodního parlamentu. Nakonec zbaven obvinění proti němu, byl obnoven k jeho governorship. V roce 1697 se představil na londýnské Board of Trade plán na sjednocení americké kolonie.
Later Aktivity
V roce 1699 Penn vrátila do Ameriky. On obnovil své staré smlouvy s indiány a dělal nové. V roce 1701 pomohl připravit chartu výsadách, revidovanou ústavu pro Pennsylvania, za nichž byla kolonie řídí až do americké revoluce. V roce 1701 anglický parlament se stěhoval do převzít všechny soukromě držených americké kolonie, a Penn se vrátil do Anglie, aby ochránil svou vlastnické právo.
Jeho závěrečná let, strávených v Anglii, byl ustaraný. Na nějaký čas on byl uvězněn ve vězení pro dlužníky. V roce 1712, při přípravě přenést své kolonii britské vládě, on dostal mrtvici blokovací. Po jeho smrti proprietorship Pennsylvanie přešel na jeho vdově a pak se ke svým synům.
V roce 1984 čestné občanství byla svěřena Penn a jeho manželka, Hannah, ze strany Spojených států.