Exilu v Anglii
Queen Elizabeth, přestože přátelský k skotským šlechticům, neschvaloval svržení zákonného monarchy a nechá svou sestřenici zůstat v Anglii. Nicméně, Elizabeth měl ji držel ve virtuální vězení. Mary brzy se stal centrem řady katolických pozemků svrhnout Elizabeth a Marii umístit na trůn. V některých ona hrála přímou roli; v jiných to neudělala, že jen zaměření na plotry.
První pozemek, v roce 1569, produkoval povstání katolické šlechty v severní Anglii. Oni byli rychle poraženi, a některé 800 rebelové byli oběšeni. Evropský parlament vyzval k popravě Marie, ale Elizabeth odmítl. V 1571 Roberto Ridolfi, italský bankéř v Londýně a tajné papežský špion, vymyslel spiknutí s cílem zavraždit Elizabeth, mají španělská sílu napadnout Anglii, a položte Marie na trůn. Spiknutí bylo objeveno, a vévoda z Norfolku, což je klíčový spiklenec, byl sťat. Evropský parlament vyzval Elizabeth, aby přijaly opatření proti Marii, ale ona odmítla.
Marie byla účastníkem Throckmorton spiknutí (1583), která vyzvala k invazi Francie a Španělska jejím jménem. Její účast v roce 1586 v systému (dále jen Babington spiknutí) zavraždit Elizabeth ukázala její zkázu. Mary byl souzen a shledán vinným z velezrady, a Evropský parlament znovu požádal Elizabeth pro její provedení. Po určitém váhání královna podepsala rozsudek smrti, a Mary byl sťat u Fotheringhay zámku 8. února, 1587. 
[1] [2]