V devátém století západní Turkestán stal doménou muslimského perského Samanids, kdo dělal Bukhara (jejich kapitálu) soupeř Bagdádu v kráse a kultury. Kontrola oblasti klesal na Turky v roce 999, a národy domorodce byli postupně jimi pohlcený.
Mongolové džingischána podmanil celé střední Asie během 1219-20, a Turkestán stal částí mongolské říše , Pořadí udržovaný Mongolů umožnil to pro Marco Polo cestovat přes staré hedvábné stezky do Číny v letech 1270 a výsledný obchod vzkvétal po několik staletí.
Vzhledem k tomu, mongolská Říše začal se rozdělit v 14. století, Tamerlane chopil se moci na západě. Pod jeho dědiců, nicméně, jeho říše se scvrkla do regionu Buchara-Samarkand, a na počátku 16. století zmizel. Turkestan byl rozkol mezi několika válčících turecké knížectví. Silk Road se stal příliš nebezpečné používat; Anthony Jenkinson, anglický obchodník, v roce 1558 by mohlo jít dál na východ než Bukhara. Byl nalezen námořních tras na Dálný východ, nicméně, a ve střední Asii již nebylo důležité pro západní svět.
V polovině 18. století Ruska rozšířil do severozápadní Turkestánu a Čína začala podrobovat jihovýchodní region. Konečné územní zálohy Ruské došlo v druhé polovině 19. století. V roce 1922 západní a centrální části Turkestánu se stala součástí Sovětského svazu. Sovětské Turkestán byla tvořena Uzbek, Turkmen, Tajik, Kyrgyz, a část kazašských sovětských socialistických republik. V roce 1991, po rozpadu Sovětského svazu, se tyto republikami stal se nezávislý.