české reformace
V roce 1310 na český trůn přešel na člena rodiny Lucemburků, pak zastává funkci císaře Svaté říše římské. Za císaře Karla IV (1347-78) Bohemia splnila svůj zlatý věk. Univerzita v Praze, která byla založena v roce 1348, byl první univerzita ve střední Evropě. Duševní činnost vedla k náboženskému rozkolu, který se stal rozšířený pod vedením reformátora John Huss (1369? -1415). Zrazen Zikmundem, který mu slíbil bezpečné chování na církevní sněm hájit své názory a pak se nechá radě zatknout jej pro kacířství, Hus byl upálen na hranici. To vyvolalo povstání tím Husových následovníky, kteří požadovali oba náboženské a politické reformy, a když Zikmund zdědil český trůn v roce 1419, odmítl uznat nového krále. Výsledné Husitské války skončila v roce 1434 pouze tehdy, pokud rada kostela souhlasil, že přijme umírněných husitů jako členové katolické církve.
A husitský šlechtic, Jiří z Poděbrad, byl zvolený král Čech v 1458 V roce 1462 papež Paul II ho sesadil, a znovu se bojovalo. George získal trůn s podporou z Polska, a na jeho smrti opustil trůn polského knížete, Ladislava II, který se brzy stal monarchou Maďarska také. Když se Ladislas syn a nástupce byl zabit v roce 1526 boji s Turky, oba trůny prošel sňatkem Ferdinanda Habsburského, arcivévoda Rakouska a od roku 1556, císaře Svaté říše římské. Od té doby habsburského panovníka Rakouska byl také monarcha Čech.
A náboženský konflikt mezi převážně protestantské obyvatelstva Čech a katolických Habsburky vedly v roce 1618 k vypuknutí války třicetileté. Bohemians byli totálně poraženi katolickými silami a ztratil téměř všechny hlas ve vládě své země. Všechny protestantské církve byly postaveny mimo zákon. Český (respektive moravské) Bratří, církev založil husity, byl téměř zničen.
Doby habsburské
Perzekuce protestantů v Čechách jeho habsburských panovníků, vyústila v masové emigraci českých aristokratů a obchodníci. Jejich místa byla pořízena přistěhovalci z katolických regionech Německa a dalších habsburských domén. Němec se stal jazykem vyšších tříd. Populace, o 3.000.000 v roce 1618, klesl na asi 800000 od roku 1654, jen šest let po konci války; více než 550 měst byla opuštěná.
habsburské pravidlo v Čechách byl zvýšeně autokratické po třicetileté válce. Katolická víra byla uložena prostřednictvím vynucených konverzí a vyhoštění
