Po Raphael smrti v roce 1520, řada architektů pokračovala v budování a redesign svatého Petra, se střídat mezi Latinskou kříž a řecko-cross plánů. Když byl Michelangelo jmenován architekt v roce 1546, on se vrátil k Bramante má plán, ale rozšířené kopuli a přebudovaný kaple a apsidy. Dome byl dokončen z jeho plánů po jeho smrti v roce 1564.
O 1.605 Pavel V. nařídil Carlo Maderna rozšířit loď tvoří latinský kříž a navrhnout novou fasádu. Kostel byl zasvěcen v 1626. Berniniho, jmenován architekt roku 1629, navrhl kolonádou vstupní Piazza a mnoho vnitřních památek.
Výkopy pod St. Peter je byly zahájeny v roce 1940. V roce 1950 papež Pius XII oznámil, že archeologové identifikovala hrobku svatého Petra. V roce 1968 papež Pavel VI oznámila, že kosti objevené v roce 1953 vykopávkách byly identifikovány jako ty Saint Peter. Mnoho učenců, nicméně, věřit, že existuje dostatek důkazů pro identifikaci pevné hrobu a zůstává jako ty Saint Peter.