V roce 1888 Brunej, Sarawak a Severní Borneo stalo britské protektoráty. O čtyři roky později byla stanovena hranice mezi britskými a nizozemskými majetků na ostrově. Během druhé světové války některé z pobřežních oblastí na Borneu obsadili Japonci. V roce 1946 Sarawak a Severní Borneo byly britské kolonie, ale Brunei zůstal britský chráněného sultanát. Holandský Borneo se spojil s Sumatra, Madura, a Java v roce 1949 tvořit Indonésii.
V roce 1963 Sarawak a Severní Borneo (přejmenoval Sabah) připojil Malajsko a Singapur při vytváření nezávislé zemi Malajsii. Indonésie opozice k vytvoření Malajsie vedla k ozbrojeném konfliktu na Borneu; bojování skončilo v roce 1966. Brunej získala nezávislost v roce 1984.