Etnické a náboženské rozdíly mezi Ázerbájdžánci a Armény v této oblasti vedl k napětí mezi oběma skupinami. Napětí vzrostl v pozdní 1980 a boje vypukly v Náhorním Karabachu, převážně arménské regionu v Ázerbájdžánu. V roce 1990 sovětští vojáci byli posláni do regionu, aby obnovil pořádek.
V průběhu let 1990-91, stoupající nacionalismus skrz svazových republik postupně nahlodal autoritu sovětské centrální vlády. V roce 1991 se zhroutil Sovětský svaz a Ázerbajdžán stal se nezávislý. Také ten rok, Ázerbajdžán připojil Společenství nezávislých států (SNS), volné konfederace bývalých sovětských republik. V průběhu roku 1992 bojů mezi Ázerbájdžánci a Armény v Náhorním Karabachu intenzivnější.
V červnu 1992, Abulfez Elchibey se stal prvním populárně zvolený prezident Ázerbájdžánu. V průběhu roku 1993 ázerbájdžánské síly utrpěl několik hrozivých porážek v rukou rebelů Arménů, kteří zachytil všechny Náhorním Karabachu a částí okolních oblastí. V létě roku 1993, Elchibey byl svrhnut frakci v ozbrojených silách. Heydar Aliyev byl jmenován úřadující předseda, a v říjnu 1993, byl zvolen prezidentem. Na jaře roku 1994, příměří byla sjednána mezi Ázerbájdžánci a povstaleckými Armény.
