Ve volbách, které se konalo v červnu 1993, Hutuové vyhrál presidentství a kontrolu parlamentu. V říjnu, prezident byl zabit Tutsi armádními důstojníky v převratu, a násilí vypuklo mezi Huty a Tutsiů, opouštět některé 100.000 mrtvých. Tah propadl, a Hutu-vládl vláda zůstala ve pawer až do roku 1996, kdy byl svržen armádou.
V roce 2000, vláda a několik povstalecké skupiny podepsali mírovou dohodu. V roce 2001, přechodné ústava byla přijata, a Buyoya stal prezidentem přechodné vlády. V únoru 2005, voliči schválili novou ústavu, která zaručuje jak Hutu a Tutsi určitý podíl legislativních křesel, poštám skříňky a vojenské role. V červenci roku 2005, volby byly drženy pro Národní shromáždění a Senát. V září 2006, vláda a jediný zbývající skupinou rebela, Národně osvobozenecké síly (FNL), podepsala dohodu o příměří.
